為鼓勵地區業者廢棄物回收再利用，本縣事業廢棄物收費標準自107年9月1日起將調整收費數額，針對廢木材混合物、廢陶瓷及廢石膏混合物、廢玻璃混合物、廢發泡塑膠(保麗龍)等廢棄物之代處理費用由每百公斤462元調降至250元，其餘廢棄物調降為每百公斤400元。
環保局表示本縣因應清除處理成本提高曾於民國105年6月27日修訂金門縣廢棄物代清除處理收費標準，惟現行收費標準未針對再利用之廢棄物種類予以不同收費數額，本次為強化資源回收、循環經濟之理念，另列修訂調降可再利用之廢棄物種類收費金額，以鼓勵事業回收再利用，減輕環境負荷，其調整收費數額(如附表)。
本縣106年9月推動強制分類政策，部分不肖業者為節省廢棄物分類之人力、成本及規避清除處理費用，發生多起非法棄置遭移送地檢署法辦之情事，本次修訂收費標準期望藉由不同收費數額，減少業者成本負擔，鼓勵業者加強廢棄物分類後再進掩埋場處理，除了可節省荷包亦可達到節能減碳目的。另環保局已推動營建廢棄物加強管制作為，除列管工程例行性巡查外，針對未列管工程、古厝裝修、裝潢裝修等小型工程加強稽巡查，確認廢棄物產出情形及是否妥善清除處理，如確定查有不法情事將依法處分；並購置多台監視器錄影取締棄置廢棄物行為，環保局再次籲請地區業者應依廢棄物清理法規定清除處理營建廢棄物，如民眾發現不法情事，請電洽環保局公害陳情專線082-336823或0800-056580處理，共同營造整潔的優質生活環境。